对于同源模建，Modeller是最经典的同源模建软件，对学术用户免费：

swiss-model服务器也可以进行在线模建：


这里，对于蛋白质的侧链模建，推荐一款新的软件： SCWRL
SCWRL目前版本为3.0，由Dunbrack教授实验室开发，对学术用户免费，可以从下面申请，在半天内就可以收到下载链接的邮件。一般下载链接有效期为5天。


当然，在其实验室还有很多其他免费工具：
MolIDE：同源模建的图形操作界面。需要通过电子邮件申请下载链接


XML2PDB ： 由pdb文件中提取结构信息，由pdbaa，pdbnt文件中提取序列信息等。
不需要注册，直接下载。链接：
Linux：http://dunbrack.fccc.edu/xml2pdb_dl/xml2pdb_lin.tar.gz
Windows：http://dunbrack.fccc.edu/xml2pdb_dl/xml2pdb_win.zip

ProtBuD是PDB数据库的衍生库，需要注册获取下载链接：


如果觉得这个对于研究能有一些启发作用，希望大家能顶一下！

（缩略图，点击图片链接看原图）
ding
支持一下！