用酶标仪法和HPLC法测定物质含量，其结果会有区别吗？会不会影响结果？

仪器灵敏度不同，肯定会有差异的。但差异多大不好说，仪器是否经过校准，使用的方法学是否可行都会影响结果。
但排除仪器的误差，方法学经得起验证，数据还是可行的。

那什么时候选择什么方法呢？

肯定会有差异的。但差异多大不好说，再说使用的仪器要确保是校正的或者是规格的

结果可能会有差异
酶标法，有时的结果是一类结构类似或有相同活性化合物的总量，HPLC的结果是每个化合物各自的含量